Tới năm 1973 Hájek làm việc ở Viện Lịch sử của Viện Hàn lâm Khoa học Tiệp Khắc.Cùng với Václav Havel, Zdeněk Mlynář, và Pavel Kohout, Hájek là người đồng sáng lập ra Hiến chương 77.

Jiří Hájek nổi lên như một trong ba người phát ngôn hàng đầu của Hiến chương 77, do đó trở thành mục tiêu cho các cuộc thẩm vấn của cảnh sát cùng các cuộc đe dọa. Ông là người kiên quyết bảo vệ Hiến chương này, trong đó nói lên những nguyên tắc về nhân quyền phổ biến.

Sau cuộc Cách mạng Nhung (1989) Hájek làm cố vấn cho Alexander Dubček (1990 - 1992) nhưng không tạo được ảnh hưởng chính trị đáng kể.Ông qua đời ngày 22 tháng 10 năm 1993.